Если вы хотите, чтобы Tomcat создал pid-файл, вам необходимо убедиться, что переменная окружения CATALINA_PID установлена при вызове bin/catalina.sh (или bin/startup.sh).
Если выиспользуя systemd с файлом конфигурации, вам, возможно, придется настроить вещи по-другому, потому что я думаю, что bin/catalina.sh не используется. Кроме того, я уверен, что использование systemd избавляет от необходимости когда-либо использовать pid-файл. Это одна из вещей, которую системные пользователи находят отвратительным в традиционных сценариях запуска IIRC.