После некоторых копаний и нескольких ответов от Ренесаса мои выводы по этому вопросу следующие:
Невозможно записать в User Boot MAT с помощью отладчиков, также нет способа отладки программы, запущенной в User Boot MAT. По-видимому, это верно для всех серий этих процессоров, но не поймите меня на этом.
Для записи в пользовательскую загрузку необходимо подключиться к процессору в режиме загрузки через RS-232 (порт SCIF1) с FDT (общие настройки устройства) и указать в параметрах FDT его загрузку в Раздел загрузки пользователя.
Что поддержка предлагает в отношении отладки, так это загрузить программу в обычный MAT и отладить ее там. Это делает довольно трудным отладку процедур Flash Writing, для которых предназначен User Boot MAT, но в настоящее время нет другого способа сделать это.