Чтобы удалить корневой элемент в DOMDocument, вы удаляете элемент документа (корневой элемент, как я прочитал ваш вопрос) из документа, аналогичного тому, как удалить любой другой дочерний элемент:
<?php
$xml = <<<XML
<root/>
XML;
$doc = new DOMDocument();
$doc->loadXML($xml);
$doc->save('php://output');
echo "---\n";
$doc->removeChild($doc->documentElement);
$doc->save('php://output');
Вывод:
<?xml version="1.0"?>
<root/>
---
<?xml version="1.0"?>
(Рабочий пример: https://3v4l.org/u11Oo)
Как показывает этот пример, элемент документа был удален из документа. Если не будет декларации XML, это будетпросто пусто.