Чтобы сохранить минимальные изменения, просто инициализируйте список перед циклом и добавляйте к нему каждый раз, когда вычисляете число.
numbers = []
a, b = 1, 2
while b < 4000000:
numbers.append(a)
a, b = b, a + b
numbers.append(a) #Get that last number after you calculated it last time