Как говорит StupidWolf в комментариях, для матрицы отсутствуют запятые. Правильно:
segments(data[,"x1"], data[,"y1"], data[,"x2"], data[,"y2"])
Но: Вы можете загрузить csv
данные непосредственно во фрейм данных и затем отобразить их. Матрица не нужна.

Пример данных в файле с именем data.csv
:
x1,y1,x2,y2
1,1,5,7
6,4,12,10
8,2,3,9
Команды:
data=read.csv("data.csv", sep=",")
plot(NA, xlim=c(0,15), ylim=c(0,15), xlab="x", ylab="y")
segments(data$x1, data$y1, data$x2, data$y2)