Я не могу комментировать, потому что репутации недостаточно, поэтому я просто предполагаю, что вы используете весеннюю загрузку и в качестве конфигурации используете application.properties.
В файле application.properties вам нужно изменить или добавить следующую строку:
spring.jpa.hibernate.ddl-auto=none
Использование «none», поэтому hibernate не удалит существующую таблицу. Если вам нужно изменить таблицу на основе существующей модели, просто используйте «update».