.git - это каталог, который поддерживает контроль версий для вашего исходного кода. Удаление этого не влияет на ваш исходный код + локальные изменения. Если вам снова нужен контроль версий git, проще всего получить свежий клон удаленного репозитория и использовать инструмент слияния (например, winmerge, araxis merge), из которого вы можете определить свои локальные изменения), а затем вы можетесделать коммит