Решение, которое я нашел, состояло в том, чтобы соединиться с каждым узлом в кластере (я думал, что у меня был только доступ к главному узлу, но я был неправ, в EMR у нас есть доступ ко всем узлам) и заменить jar Avro, который включенс Hadoop от банка Avro, который поставляется в Sqoop. Это не элегантное решение, но оно работает.
[ОБНОВЛЕНИЕ]
Случилось так, что опция -D mapreduce.job.user.classpath.first=true не работала, потому что я использовал s3a в качестве целевого каталога, когда Amazon сказал, что мыследует использовать s3. Как только я начал использовать * 1008, Sqoop мог правильно выполнить импорт. Таким образом, нет необходимости заменять какой-либо файл в узлах. Использование s3a может привести к некоторым странным ошибкам в EMR из-за собственной конфигурации Amazon, не используйте ее. Даже с точки зрения производительности s3 лучше, чем s3a в EMR, поскольку реализация для s3 - это Amazon.