Кажется, что вы пытаетесь вращать значок синхронизации в середине значка сохранения (дискеты) ... вам нужно отрегулировать верхнюю границу для точного размещения, как показано ниже:
<script src='https://kit.fontawesome.com/a076d05399.js'></script>
<span class="fa-stack" style="vertical-align: top; ">
<i class="far fa-save fa-stack-2x"></i>
<i class="fas fa-sync fa-spin fa-stack-1x" data-fa-transform="right-12 down-12" style="color:darkblue;margin-top:4px"></i>
</span>
<hr/>
<span class="fa-stack-2x" style="vertical-align: top;">
<i class="far fa-save fa-stack-2x"></i>
<i class="fas fa-sync fa-spin fa-stack-1x" data-fa-transform="right-12 down-12" style="color:darkred; margin-top:22.5px"></i>
</span>