Вы можете сделать что-то вроде этого:
function getSeconds(timestamp) {
var parts = timestamp.match(/\d+/g),
minute = 60,
hour = 60 * minute,
ms = 1/1000;
return (parts[0]*hour) + (parts[1]*minute) + (+parts[2]) + (parts[3]*ms);
}
getSeconds('01:33:33.235'); // 5613.235 seconds
Отредактировано, так как вам нужны миллисекунды.