Полагаю, вы уверены, что файл всегда существует в обоих каталогах.
Это то, что вы спрашиваете?
path1 = "path1"
path2 = "path2"
for fname in os.listdir(path1):
fname1 = os.path.join(path1, fname)
fname2 = os.path.join(path2, fname)
# do your processing here
Если это может произойти, то файл существуетв пути 1, но не в пути 2, вы должны проверить с помощью os.path.isfile()
наличие другого файла перед открытием и пропустить, если он отсутствует