Существует много способов, которыми файл dex может быть побочно-отличаться от другого и при этом быть семантически идентичными.
Например, в некоторых разделах файла dex порядок элементов не указан, поэтомуэлемент может быть размещен в разных местах в 2 разных, но семантически эквивалентных файлах dex.