Я не знаю вашего точного варианта использования, но я не думаю, что миграции должны быть условными, то есть вы можете столкнуться с несовместимыми базами данных в разных средах.
Возможно, стоит рассмотреть возможность хранения файлов миграции в отдельныхкаталоги и использовать другую конфигурацию и менеджер сущностей при выполнении миграций.
# /config/migrations/default.yaml
name: "Default Migrations"
migrations_namespace: "App\Migrations\Default"
table_name: "doctrine_migration_versions"
migrations_directory: "src/Migrations/Default"
# /config/migrations/admin.yaml
name: "Admin Migrations"
migrations_namespace: "App\Migrations\Admin"
table_name: "doctrine_migration_versions"
migrations_directory: "src/Migrations/Admin"
При условии, что вы настроили два менеджера сущностей - один по умолчанию и один, то есть с именем "admin", вы можете запускать эти миграции отдельно:
php bin/console doctrine:migrations:migrate --configuration=config/migrations/default.yaml
php bin/console doctrine:migrations:migrate --configuration=config/migrations/admin.yaml --em=admin