list.files () отображает все кроме четырех файлов в каталоге

Question

Я использую list.files () в R, чтобы получить список файлов данных о выражениях гена для запуска через функцию синтаксического анализа. По какой-то причине list.files () показывает все, кроме четырех самых последних дополнений в каталоге. Я пытался использовать file.exist () для четырех файлов, используя один и тот же путь к файлу, который возвращает TRUE, как показано здесь (фактический путь к файлу отличается, я просто не хочу публиковать проприетарные вещи, так как я работаю вlab):

filepath = system.file("my/file/path")
list.files(filepath, all.files=TRUE, full.names=TRUE)  # returns all but 4 files
file.exists(paste0(filepath, "/file_in_question"))  # returns TRUE

Я также визуально проверил каталог, и все файлы там и имеют правильные права на чтение / запись. Так как я использую одну и ту же переменную filepath в list.files () и file.exists (), я знаю, что это не проблема пути к файлу. Любая помощь будет принята с благодарностью.

РЕДАКТИРОВАТЬ: Очевидно, это более серьезная проблема, так как я не вижу файлы в терминале с использованием ls, хотя я могу с ls -thor. Обновлюсь, если найду решение.

Answer 1

Я только сейчас понял, что проблема не в том, что файлы не могут быть прочитаны, я просто искал не в том месте. Самым последним файлом был runnname100, который я ожидал увидеть сразу после runname99. Однако R перечислил runname100 прямо между runname10 и runname11. Я добавлю одну или две строки в мой скрипт, чтобы изменить порядок чисел, чтобы вывод не был упорядочен таким глупым образом.