Первое, что я хотел бы сделать, это переключиться между этими двумя строками, чтобы вы получили сообщение, только если файл действительно был найден:
System.out.print((args[i]) + " being indexed ... ");
inputFile = new Scanner(new File(args[i]));
По сути, вставьте их так:
inputFile = new Scanner(new File(args[i]));
System.out.print((args[i]) + " being indexed ... ");
Это менее обманчиво, ИМХО.
Кроме того, код выглядит хорошо для меня, но мы упускаем код для Scanner - я только что проверил и, согласно Java-документам (по крайней мере для 1.4.2), конструктор File не выдает FileNotFoundException, поэтому что-то еще должно. Время вывести отладчик и выяснить, где именно выдается исключение, или, по крайней мере, получить трассировку стека, которая показывает вам, где он выдается.
Кроме того, вам может потребоваться указать путь к файлам, которые вы пытаетесь загрузить, если рабочий каталог вашей программы находится не там, где находятся файлы; Из ваших выводов видно, что вы не проходите какой-либо путь, и вам, возможно, придется.