Наконец-то решена эта проблема :) Мутация выхода из системы должна быть обещанием, которое будет выполнено во внешнем интерфейсе, чтобы предотвратить невозможность установить заголовки при выполнении clearCookie.
Внутренний преобразователь
logout: requiresAuth.createResolver((parent, args, { session, res }) => new Promise((resolve, reject) => {
session.destroy((err) => {
if (err) reject(err);
res.clearCookie(config.sess.name);
resolve(true);
});
})),
Front-end
logout = async () => {
await this.props.logout();
window.location = '/login';
};