Я нашел проблему.
UIApplication.shared.registerForRemoteNotifications()
это должно выполняться при каждом запуске. Лучше сохранить это в методе didFinishLoadingWithOptions. В моей предыдущей версии я вызывал это впервые, но похоже, что так должно быть при каждом запуске.
и убедитесь, что установлены делегаты для уведомлений и обмена сообщениями.
UNUserNotificationCenter.current().delegate = self
Messaging.messaging().delegate = self