Вот один способ, который может работать.
library(dplyr)
library(purrr)
map(m, function(x) map(seq(ncol(x)), function(y)
df %>% group_by_at(x[,y]) %>% summarise(sum = sum(c))))
#[[1]]
#[[1]][[1]]
# A tibble: 1 x 2
# a sum
# <dbl> <int>
#1 1 15
#[[1]][[2]]
# A tibble: 2 x 2
# b sum
# <dbl> <int>
#1 1 6
#2 2 9
#[[2]]
#[[2]][[1]]
# A tibble: 2 x 3
# Groups: a [1]
# a b sum
# <dbl> <dbl> <int>
#1 1 1 6
#2 1 2 9
data
Использование его на данных этого образца
m <- list(matrix(c("a", "b"), ncol = 2), matrix(c("a", "b")))
df <- data.frame(a = 1, b = c(1, 1, 1, 2, 2), c = 1:5)