После дальнейших поисков я нашел несколько связанный с этим вопрос / ответ, в котором упоминалось, чтобы убедиться, что установлен флажок «Удалить дополнительные файлы в месте назначения», который по умолчанию не отмечен. Похоже, это решило мою проблему.