Я недавно обновил свою систему MacOSX до Catalina, и несколько файлов были автоматически помещены в папку «Перемещенные элементы» на моем рабочем столе. Недавно я попытался запустить следующий код, который ранее работал:
qualimap bamqc -bam Sample1_sorted.bam -c -outdir QualiMap/Sample1_sorted
и получил следующую ошибку:
Java HotSpot(TM) 64-Bit Server VM warning: Ignoring option MaxPermSize; support was removed in 8.0
Error: Unable to initialize main class org.bioinfo.ngs.qc.qualimap.main.NgsSmartMain
Caused by: java.lang.NoClassDefFoundError: org/apache/commons/cli/ParseException
Я видел много других сообщений связанныхс этой ошибкой, но я не уверен, как даже попробовать некоторые из предложенных решений. Я не работаю напрямую с некоторыми приложениями / файлами, упомянутыми на этих форумах, такими как JAVA, Maven, AppAssembler и файл pom.xml (я даже не смог найти этот файл). В результате я хотел спросить об этой ошибке с точки зрения биолога, использующего qualimap.
Как я могу исправить эту ошибку (с небольшим знанием вышеупомянутых приложений / файлов)? Я, конечно, могу работать с этими приложениями / файлами, но мне, вероятно, понадобится более подробный / базовый / низкоуровневый совет о том, как получить к ним доступ и изменить их. Спасибо!