Конечно, просто используйте реестр Запустите ключи , чтобы запустить ваше приложение. например,
HKEY_LOCAL_MACHINE\Software\Microsoft\Windows\CurrentVersion\Run
В этом случае нет ничего особенного в установщике Windows, вы можете легко использовать программу установки не от MSI, чтобы выполнить то же самое.