Все, что идет на стандартный вывод, будет напечатано в журналах времени исполнения Mule (т.е. mule_ee.log). Если приложения настроены на использование стандартного вывода или консольного приложения, вы получите их в mule_ee.log. Это плохая практика. Приложения должны использовать свои собственные файлы журналов. Конфигурация log4j по умолчанию для приложений, созданных в Studio, - это журнал для приложения.