как описано в Guide проблема в том, что вы не выбираете патч.
Как применить патч (который является файлом, в этом zip-файле):
patch apply /path/to/downloaded-patch.zip
Что вы делаете:
[standalone@localhost:9990 /] patch apply /opt/jboss-eap-7.2 --preserve=[bin/init.d/jboss-eap-rhel.sh,bin/standalone.conf]
Поэтому вы отправляете каталог /opt/jboss-eap-7.2
вместо файла.