EducationItems и основная таблица сконфигурированы с каскадным удалением, которое будет выброшено во время выполнения кода "Связь не может быть изменена, так как одно или несколько свойств внешнего ключа не могут иметь значение NULL"
Если обходиз ведомой таблицы удаляется, она может быть успешно удалена. Почему?
var entitys= Repository.Table.Where(a => ids.Contains(a.UUID)).ToList();
entitys.ForEach(a =>
{
foreach (var deductionitem in a.Deductionitems)
DoDelete(a);
}