Менее красноречив, чем другие ответы - и используя функцию @Sotos Map:
tmp <- "A1BB2CCC3"
combined_elements <- paste0(unlist(strsplit(trimws(gsub("\\d+", " ", tmp), "both"), "\\s+")),
unlist(strsplit(trimws(gsub("[a-zA-Z]+", " ", tmp), "both"), "\\s+")))
unlist(Map(c, unlist(strsplit(trimws(gsub("\\d+", " ", tmp), "both"), "\\s+")),
unlist(strsplit(trimws(gsub("[a-zA-Z]+", " ", tmp), "both"), "\\s+"))))