Поскольку он интерпретируется как два столбца, используйте tolist :
import numpy as np
import pandas as pd
positions = np.array([[2.2, 3.1],
[2.3, 6.2],
[2.4, 9.3]])
df = pd.DataFrame({'pos': positions.tolist()})
print(df)
Выход
pos
0 [2.2, 3.1]
1 [2.3, 6.2]
2 [2.4, 9.3]