Properties p = new Properties();
p.setProperty("python.console.encoding", "UTF-8");
PySystemState systemState = Py.getSystemState();
systemState.path.append(new PyString("C:\\jython2.7.1\\Lib"));
systemState.path.append(new PyString("C:\\jython2.7.1\\Lib\\site-packages"));
systemState.path.append(new PyString("C:\\jython2.7.1\\pkgs"));
PythonInterpreter.initialize(System.getProperties(), p, new String[] {});
PythonInterpreter python = new PythonInterpreter();
python.exec("from nltk.corpus import stopwords\ncachedStopWords = stopwords.words('english')");
Вот так я и решил, надеюсь, это кому-нибудь поможет:)