Из этого следует, что элементы с полосами прокрутки в позициях, отличных от верхней, будут иметь scrollTop> 0. Если у вас есть элемент без полос прокрутки, то можно ожидать, что их позиция scrollTop равна 0, поскольку им некуда прокручиваться.
Я не совсем уверен, в чем проблема.
РЕДАКТИРОВАТЬ: На всякий случай, если это не объяснено должным образом в документах jQuery:
scrollTop()
=> положение полосы прокрутки для элемента (окно / div / что-либо прокручиваемое)
$("#element").offset().top
=> положение элемента относительно страницы
$("#element").offset().top - $(window).scrollTop()
=> положение элемента относительно области прокрутки.