В случае, если у кого-то есть эта проблема. Мне пришлось явно добавить:
spring.jmx.enabled=true
это необходимо, поскольку kafka публикует данные в jmx, а микрометр читает их оттуда. По умолчанию jmx отключен, начиная с Spring Boot 2.2.
Он работал локально, потому что Idea добавил флаг включения jmx под обложки.