Вы можете сделать это:
dir /a-d "D:\new work\*" && (echo Contains files) || (move /Y "D:\work\* "D:\new work")
, если могут быть подпапки для проверки на пустоту, тогда просто добавьте /s
dir /a-d /s "D:\new work\*" && (echo Contains files) || (move /Y "D:\work\*" "D:\new work")