Сценарий сборки, выдающий эту ошибку, должен быть ifdef'd для arm64. Возможно, переменная, с которой она работает, не была настроена должным образом, или, возможно, ваша установка повреждена, или, возможно, что-то в вашем скрипте сборки мешает с внутренностями ndk-build.
Лучше всего сначала попробовать обновить доболее новый NDK. Если вы сталкиваетесь с ошибками, всегда пробуйте более новую версию.
Если это не сработает, возможно, попробуйте добавить следующее в ваш Android.mk и поделиться выводом:
$(error NDK_KNOWN_DEVICE_ABI64S=$(NDK_KNOWN_DEVICE_ABI64S))