Question

Контекст

Несмотря на количество вопросов / ответов по этому вопросу, у меня все еще возникают проблемы с настройкой Apache Jena Fuseki ...

Я пытаюсь настроить Apache JenaЭкземпляр Fuseki с активированным TDB и OWL, для тестирования моего приложения. Мне нужно создать набор данных, выполнить свои тесты и программно удалить набор данных.

Настройка

Я использую stain/jena-fuseki образ докера для запуска Apache Jena Fuseki.

Iзапустите Jena Fuseki в версии 3.10.0.

bash-4.3# ./fuseki-server -version
Jena:       VERSION: 3.10.0
Jena:       BUILD_DATE: 2018-12-30T15:45:57+0000
TDB:        VERSION: 3.10.0
TDB:        BUILD_DATE: 2018-12-30T15:45:57+0000
Fuseki:     VERSION: 3.10.0
Fuseki:     BUILD_DATE: 2018-12-30T15:45:57+0000

Базовая конфигурация

Я использую следующий shiro.ini файл. Я разрешаю полный доступ для всех, это только тестовый экземпляр.

bash-4.3# cat /fuseki/shiro.ini 

[main]
# Development
ssl.enabled = false
plainMatcher=org.apache.shiro.authc.credential.SimpleCredentialsMatcher
iniRealm.credentialsMatcher = $plainMatcher

[users]
admin=mysupersecurepassword

[roles]

[urls]
## Control functions open to anyone
/$/status = anon
/$/ping   = anon

# Everything else
/**=anon

Я использую файл config.ttl по умолчанию:

bash-4.3# cat /fuseki/config.ttl 
# Licensed under the terms of http://www.apache.org/licenses/LICENSE-2.0
## Fuseki Server configuration file.

@prefix :        <#> .
@prefix fuseki:  <http://jena.apache.org/fuseki#> .
@prefix rdf:     <http://www.w3.org/1999/02/22-rdf-syntax-ns#> .
@prefix rdfs:    <http://www.w3.org/2000/01/rdf-schema#> .
@prefix ja:      <http://jena.hpl.hp.com/2005/11/Assembler#> .

[] rdf:type fuseki:Server ;
   .

Что я пытаюсь сделать?

Для тестирования моего приложения я пытаюсь создать набор данных, выполнить тесты и программно удалить набор данных. Для этого я использую протокол администрирования Fuseki HTTP .

. Я выполняю следующие действия:

POST /$/datasets для создания набора данных.
POST /dataset_name/data для загрузки файлов данных.
(Выполнить мои тесты приложений)
POST /dataset_name?update=DROP+ALL для удаления данных.
DELETE /$/datasets/dataset_name для удаления набора данных.

Шаг 1:

Использование curl:

curl -F 'files[]=@dataset.ttl' http://localhost:3030/$/datasets

Я использую следующий dataset.ttl файл:

@prefix fuseki: <http://jena.apache.org/fuseki#> .
@prefix rdf: <http://www.w3.org/1999/02/22-rdf-syntax-ns#> .
@prefix rdfs: <http://www.w3.org/2000/01/rdf-schema#> .
@prefix tdb: <http://jena.hpl.hp.com/2008/tdb#> .
@prefix ja: <http://jena.hpl.hp.com/2005/11/Assembler#> .
@prefix : <#> .


# Custom code
tdb:GraphTDB rdfs:subClassOf ja:Model .

# Setup service
:service rdf:type fuseki:Service ;
    rdfs:label                          "TDB dataset_name" ;
    fuseki:name                         "dataset_name" ;
    fuseki:dataset                      :dataset ;
    fuseki:serviceQuery                 "query", "sparql" ;
    fuseki:serviceUpdate                "update" ;
    fuseki:serviceUpload                "upload" ;
    fuseki:serviceReadWriteGraphStore   "data" ;
    fuseki:serviceReadGraphStore        "get" ;
.

# Setup Assembler model with reasoner
:dataset rdf:type ja:RDFDataset;
    ja:defaultGraph :modelInf ;
.
:modelInf rdf:type ja:InfModel;
    ja:baseModel :tdbGraph ;
    ja:reasoner [ 
        ja:reasonerURL <http://jena.hpl.hp.com/2003/OWLFBRuleReasoner> 
    ] ;
.

# TDB dataset used for RDF storage
:tdbGraph rdf:type tdb:GraphTDB;
    tdb:location "/fuseki/databases/dataset_name" ;
.

Журналы Jena Fuseki

[2019-10-23 14:41:00] Admin      INFO  [6] POST http://localhost:3030/$/datasets
[2019-10-23 14:41:00] Admin      INFO  [6] Filename: dataset.ttl, Content-Type=application/octet-stream, Charset=null => Turtle : Count=19 Triples=19 Quads=0
[2019-10-23 14:41:00] Admin      INFO  [6] Create database : name = /dataset_name
[2019-10-23 14:41:02] Admin      INFO  [6] 200 OK (1.894 s)

Все в порядке: P

Шаг 2:

Использование curl:

curl -F 'files[]=@data.rdf' http://localhost:3030/dataset_name/data
{ 
  "count" : 1524 ,
  "tripleCount" : 1524 ,
  "quadCount" : 0
}

Журналы Jena Fuseki

[2019-10-23 14:44:52] Fuseki     INFO  [7] POST http://localhost:3030/dataset_name/data
[2019-10-23 14:44:53] Fuseki     INFO  [7] Filename: data.rdf, Content-Type=application/octet-stream, Charset=null => RDF/XML : Count=1524 Triples=1524 Quads=0
[2019-10-23 14:44:54] Fuseki     INFO  [7] 200 OK (1.858 s)

Все в порядке: P

Шаг 3:

Тестирование моего приложения (здесь бесполезно)

Шаг 4:

Использование curl:

curl -d "update=DROP+ALL" -X POST http://localhost:3030/dataset_name/update
...
Update succeeded
...

Журналы Jena Fuseki

[2019-10-23 15:04:13] Fuseki     INFO  [67] POST http://localhost:3030/dataset_name/update
[2019-10-23 15:04:14] Fuseki     INFO  [67] 200 OK (268 ms)

Все в порядке: P

Шаг 5:

Использованиеcurl:

curl -X DELETE http://localhost:3030/$/datasets/dataset_name

Журналы Jena Fuseki

[2019-10-23 15:10:17] Admin      INFO  [92] DELETE http://localhost:3030/$/datasets/dataset_name
[2019-10-23 15:10:17] Admin      INFO  [92] DELETE ds=/dataset_name
[2019-10-23 15:10:17] Server     INFO  Shutting down data service for [, data, upload, query, get, update, sparql]
[2019-10-23 15:10:17] Admin      WARN  [92] RC = 500 : Not in a transaction
org.apache.jena.tdb.transaction.TDBTransactionException: Not in a transaction
        at org.apache.jena.tdb.transaction.DatasetGraphTransaction.get(DatasetGraphTransaction.java:140)
        at org.apache.jena.tdb.transaction.DatasetGraphTransaction.getDatasetGraphToQuery(DatasetGraphTransaction.java:86)
        at org.apache.jena.tdb.store.GraphTxnTDB.getDatasetGraphTDB(GraphTxnTDB.java:51)
        at org.apache.jena.tdb.store.GraphTDB.sync(GraphTDB.java:128)
        at org.apache.jena.tdb.store.GraphTDB.close(GraphTDB.java:133)
        at org.apache.jena.reasoner.BaseInfGraph.close(BaseInfGraph.java:445)
        at org.apache.jena.reasoner.rulesys.BasicForwardRuleInfGraph.close(BasicForwardRuleInfGraph.java:360)
        at org.apache.jena.reasoner.rulesys.FBRuleInfGraph.close(FBRuleInfGraph.java:710)
        at org.apache.jena.sparql.core.DatasetGraphMapLink.close(DatasetGraphMapLink.java:199)
        at org.apache.jena.fuseki.server.DataService.expel(DataService.java:223)
        at org.apache.jena.fuseki.server.DataService.shutdown(DataService.java:199)
        at org.apache.jena.fuseki.mgt.ActionDatasets.execDeleteItem(ActionDatasets.java:360)
        at org.apache.jena.fuseki.ctl.ActionContainerItem.execDelete(ActionContainerItem.java:105)
        at org.apache.jena.fuseki.ctl.ActionContainerItem.perform(ActionContainerItem.java:64)
        at org.apache.jena.fuseki.ctl.ActionCtl.executeLifecycle(ActionCtl.java:68)
        at org.apache.jena.fuseki.ctl.ActionCtl.executeAction(ActionCtl.java:62)
        at org.apache.jena.fuseki.ctl.ActionCtl.execCommonWorker(ActionCtl.java:53)
        at org.apache.jena.fuseki.servlets.ActionBase.doCommon(ActionBase.java:74)
        at org.apache.jena.fuseki.ctl.ActionContainerItem.doDelete(ActionContainerItem.java:52)
        at javax.servlet.http.HttpServlet.service(HttpServlet.java:713)
        at javax.servlet.http.HttpServlet.service(HttpServlet.java:790)
        at org.eclipse.jetty.servlet.ServletHolder.handle(ServletHolder.java:865)
        at org.eclipse.jetty.servlet.ServletHandler$CachedChain.doFilter(ServletHandler.java:1655)
        at org.apache.jena.fuseki.servlets.FusekiFilter.doFilter(FusekiFilter.java:101)
        at org.eclipse.jetty.servlet.ServletHandler$CachedChain.doFilter(ServletHandler.java:1642)
        at org.apache.shiro.web.servlet.ProxiedFilterChain.doFilter(ProxiedFilterChain.java:61)
        at org.apache.shiro.web.servlet.AdviceFilter.executeChain(AdviceFilter.java:108)
        at org.apache.shiro.web.servlet.AdviceFilter.doFilterInternal(AdviceFilter.java:137)
        at org.apache.shiro.web.servlet.OncePerRequestFilter.doFilter(OncePerRequestFilter.java:125)
        at org.apache.shiro.web.servlet.ProxiedFilterChain.doFilter(ProxiedFilterChain.java:66)
        at org.apache.shiro.web.servlet.AbstractShiroFilter.executeChain(AbstractShiroFilter.java:449)
        at org.apache.shiro.web.servlet.AbstractShiroFilter$1.call(AbstractShiroFilter.java:365)
        at org.apache.shiro.subject.support.SubjectCallable.doCall(SubjectCallable.java:90)
        at org.apache.shiro.subject.support.SubjectCallable.call(SubjectCallable.java:83)
        at org.apache.shiro.subject.support.DelegatingSubject.execute(DelegatingSubject.java:383)
        at org.apache.shiro.web.servlet.AbstractShiroFilter.doFilterInternal(AbstractShiroFilter.java:362)
        at org.apache.shiro.web.servlet.OncePerRequestFilter.doFilter(OncePerRequestFilter.java:125)
        at org.eclipse.jetty.servlet.ServletHandler$CachedChain.doFilter(ServletHandler.java:1642)
        at org.apache.jena.fuseki.servlets.CrossOriginFilter.handle(CrossOriginFilter.java:285)
        at org.apache.jena.fuseki.servlets.CrossOriginFilter.doFilter(CrossOriginFilter.java:248)
        at org.eclipse.jetty.servlet.ServletHandler$CachedChain.doFilter(ServletHandler.java:1634)
        at org.eclipse.jetty.servlet.ServletHandler.doHandle(ServletHandler.java:533)
        at org.eclipse.jetty.server.handler.ScopedHandler.handle(ScopedHandler.java:146)
        at org.eclipse.jetty.security.SecurityHandler.handle(SecurityHandler.java:548)
        at org.eclipse.jetty.server.handler.HandlerWrapper.handle(HandlerWrapper.java:132)
        at org.eclipse.jetty.server.handler.ScopedHandler.nextHandle(ScopedHandler.java:257)
        at org.eclipse.jetty.server.session.SessionHandler.doHandle(SessionHandler.java:1595)
        at org.eclipse.jetty.server.handler.ScopedHandler.nextHandle(ScopedHandler.java:255)
        at org.eclipse.jetty.server.handler.ContextHandler.doHandle(ContextHandler.java:1340)
        at org.eclipse.jetty.server.handler.ScopedHandler.nextScope(ScopedHandler.java:203)
        at org.eclipse.jetty.servlet.ServletHandler.doScope(ServletHandler.java:473)
        at org.eclipse.jetty.server.session.SessionHandler.doScope(SessionHandler.java:1564)
        at org.eclipse.jetty.server.handler.ScopedHandler.nextScope(ScopedHandler.java:201)
        at org.eclipse.jetty.server.handler.ContextHandler.doScope(ContextHandler.java:1242)
        at org.eclipse.jetty.server.handler.ScopedHandler.handle(ScopedHandler.java:144)
        at org.eclipse.jetty.server.handler.gzip.GzipHandler.handle(GzipHandler.java:690)
        at org.eclipse.jetty.server.handler.HandlerWrapper.handle(HandlerWrapper.java:132)
        at org.eclipse.jetty.server.Server.handle(Server.java:503)
        at org.eclipse.jetty.server.HttpChannel.handle(HttpChannel.java:364)
        at org.eclipse.jetty.server.HttpConnection.onFillable(HttpConnection.java:260)
        at org.eclipse.jetty.io.AbstractConnection$ReadCallback.succeeded(AbstractConnection.java:305)
        at org.eclipse.jetty.io.FillInterest.fillable(FillInterest.java:103)
        at org.eclipse.jetty.io.ChannelEndPoint$2.run(ChannelEndPoint.java:118)
        at org.eclipse.jetty.util.thread.QueuedThreadPool.runJob(QueuedThreadPool.java:765)
        at org.eclipse.jetty.util.thread.QueuedThreadPool$2.run(QueuedThreadPool.java:683)
        at java.lang.Thread.run(Thread.java:745)
[2019-10-23 15:10:17] Admin      INFO  [92] 500 Not in a transaction (65 ms)

Вот проблема. Кто-нибудь может помочь решить эту проблему?

Мысли / Попытки

Я пробую ту же процедуру с файлом конфигурации набора данных по умолчанию и не получаю ошибку. Итак, я полагаю, что это взято из файла конфигурации набора данных.

Вот то, что я назвал файлом конфигурации набора данных по умолчанию:

@prefix :      <http://base/#> .
@prefix rdf:   <http://www.w3.org/1999/02/22-rdf-syntax-ns#> .
@prefix tdb2:  <http://jena.apache.org/2016/tdb#> .
@prefix ja:    <http://jena.hpl.hp.com/2005/11/Assembler#> .
@prefix rdfs:  <http://www.w3.org/2000/01/rdf-schema#> .
@prefix fuseki: <http://jena.apache.org/fuseki#> .

:service_tdb_all        a                   fuseki:Service ;
        rdfs:label                          "TDB2 dataset_name" ;
        fuseki:dataset                      :tdb_dataset_readwrite ;
        fuseki:name                         "dataset_name" ;
        fuseki:serviceQuery                 "query" , "sparql" ;
        fuseki:serviceReadGraphStore        "get" ;
        fuseki:serviceReadWriteGraphStore   "data" ;
        fuseki:serviceUpdate                "update" ;
        fuseki:serviceUpload                "upload" .

:tdb_dataset_readwrite  a                   tdb2:DatasetTDB2 ;
        tdb2:location                       "/fuseki/databases/dataset_name" .

Я не нахожу достаточно понятной для меня документации по правильномунастроить Йена Фусеки. Можно найти множество примеров, но они датированы несколькими годами, не знаю, обновляются ли они до сих пор. И никаких объяснений того, как они на самом деле работают, поэтому трудно добавить к конкретному случаю.

Если есть какие-либо документы / учебное пособие, чтобы объяснить, что такое "ja: RDFDataset", "ja: InfModel" и другие "ja:вещи "и то, как они работают, будет высоко ценится.

Я все еще начинаю с онтологии / триплетов / связанных данных, и эти документы читать не так просто:

Я пробовал разные примеры конфигурации и всегда получаю ошибки на шагах 1 или 5.

Пример

Конфиг:

@prefix : <#> .
@prefix fuseki: <http://jena.apache.org/fuseki#> .
@prefix rdf: <http://www.w3.org/1999/02/22-rdf-syntax-ns#> .
@prefix rdfs: <http://www.w3.org/2000/01/rdf-schema#> .
@prefix tdb: <http://jena.hpl.hp.com/2008/tdb#> .
@prefix ja: <http://jena.hpl.hp.com/2005/11/Assembler#> .

[] rdf:type fuseki:Server ;
    fuseki:services (
        <#service>
    ) .

## ---------------------------------------------------------------
## Service with only SPARQL query on an inference model.
## Inference model base data in TDB.

<#service> rdf:type fuseki:Service ;
    fuseki:name "dataset_name" ;
    fuseki:serviceQuery "query" , "sparql" ;
    fuseki:serviceUpdate "update" ;
    fuseki:serviceUpload "upload" ;
    fuseki:serviceReadWriteGraphStore "data" ;
    fuseki:serviceReadGraphStore "get" ;
    fuseki:dataset <#dataset>  ;
    .

<#dataset> rdf:type ja:RDFDataset ;
    ja:defaultGraph <#model> ;
    . 

<#model> rdf:type ja:InfModel ;
    ja:baseModel <#tdbGraph> ;
    ja:reasoner [
        ja:reasonerURL <http://jena.hpl.hp.com/2003/OWLFBRuleReasoner> ;
    ] ;
    .

<#tdbGraph> rdf:type tdb:GraphTDB ;
    tdb:dataset <#tdbDataset> ;
    .

<#tdbDataset> rdf:type tdb:DatasetTDB ;
    tdb:location "/fuseki/databases/dataset_name" ;
    .

Ошибка на шаге 1.

Журнал Fuseki:

[2019-10-23 15:20:51] Admin      INFO  [93] POST http://localhost:3030/$/datasets
[2019-10-23 15:20:51] Admin      INFO  [93] Filename: dataset.ttl, Content-Type=text/turtle, Charset=null => Turtle : Count=23 Triples=23 Quads=0
[2019-10-23 15:20:51] Admin      INFO  [93] Create database : name = /dataset_name
[2019-10-23 15:20:51] Admin      WARN  [93] RC = 500 : cannot find a most specific type for :tdbGraph, which has as possibilities: ja:Model tdb:GraphTDB.
org.apache.jena.assembler.exceptions.AmbiguousSpecificTypeException: cannot find a most specific type for :tdbGraph, which has as possibilities: ja:Model tdb:GraphTDB.

AndyS · Answer 1 · 24 октября 2019

Полный сервер обеспечивает удаление баз данных, созданных через пользовательский интерфейс или протокол с использованием одного из шаблонов. Произвольные файлы конфигурации, помещенные на сервер, не могут быть удалены таким образом;даже если их можно отсоединить от сервера, они могут остаться (они представляют собой произвольные файлы ассемблера), которые не годятся для тестирования.

Для тестирования есть более простой способ. Раскручивайте сервер для каждого теста, либо по сценарию, либо из Java (JUnit и т. Д.). Версия сервера "Fuseki main" запускается и останавливается довольно быстро. Поэтому запустите сервер с требуемой конфигурацией - и вы можете использовать базу данных TDB в оперативной памяти (расположение «--mem--») для данных, если данные достаточно малы.

Это завершит очисткукогда сервер выходит, что делает тесты чисто изолированными.

Как настроить Apache Jena Fuseki с TDB и блоком рассуждений? Ошибка при УДАЛЕНИИ набора данных

Контекст

Настройка

Базовая конфигурация

Что я пытаюсь сделать?

Шаг 1:

Шаг 2:

Шаг 3:

Шаг 4:

Шаг 5:

Мысли / Попытки

Пожалуйста, войдите или зарегистрируйтесь чтобы ответить на этот вопрос.

1 Ответ

Пожалуйста, войдите или зарегистрируйтесь что бы добавить комментарий.

Как настроить Apache Jena Fuseki с TDB и блоком рассуждений? Ошибка при УДАЛЕНИИ набора данных

Контекст

Настройка

Базовая конфигурация

Что я пытаюсь сделать?

Шаг 1:

Шаг 2:

Шаг 3:

Шаг 4:

Шаг 5:

Мысли / Попытки

Пожалуйста, войдите или зарегистрируйтесь чтобы ответить на этот вопрос.

1 Ответ

Пожалуйста, войдите или зарегистрируйтесь что бы добавить комментарий.

Похожие темы