Вы в настоящее время (и приложение MVC5 ранее) полагались на отложенную загрузку. Ключевым отличием EF Core является то, что отложенная загрузка должна быть явно включена с помощью:
services.AddDbContext<MyContext>(o =>
o.UseSqlServer(Configuration.GetConnectionString("Default"))
.UseLazyLoadingProxies());
Однако вам действительно следует избегать отложенной загрузки. Для удобства можно добавить, что существует масса потенциальных ловушек, которые могут серьезно повлиять на производительность вашего приложения и привести к падению производительности базы данных. Если вы хотите включить связанные сущности, лучше всего загружать их при запросах:
var users = await _context.Users.Include(x => x.MasterBranch).ToListAsync();