Когда форма отправляется, вы отменяете отправку и открываете вместо нее всплывающее окно. Всплывающее окно - это обычный запрос get. Чтобы отправить форму во всплывающее окно, попробуйте следующее:
<form class="" onsubmit="centeredPopup('/add','myWindow','700','300','yes');" target="myWindow" action="/add" method="post">
<p>Count: <%= myNum %>
<button type="submit" class="btn btn-md" name="button">Add</button></p>
</form>
Предполагая, что 2-й аргумент centeredPopup - это имя окна, чтобы POST для работы centeredPopup('/add','this'
и <form target="this"
были одинаковыми ивы не можете иметь return false