У меня есть решение для запуска для eclipse (и софт на основе eclipse, как aptana studio)
1) Создать скрипт в папке с исполняемым файлом eclipse
#!/bin/bash
export GDK_NATIVE_WINDOWS=true
#launch eclipse from current dir
`dirname $0`/eclipse
2) Создание лаунчера на рабочем столе или панели
Это решение подходит лучше всего, если у вас есть несколько экземпляров Eclipse или иногда перемещаете папки приложения.