Я бы порекомендовал запускать приложение непосредственно из IDE, а не mvn spring-boot:run. Это даст вам лучший опыт в IDE.
Примечания к выпуску указывают на то, что плагин Spring Boot Maven теперь разветвляет процесс по умолчанию, что является причиной того, почему вы не можете отлаживать приложение, как вы использовали с 2.1. Если вам действительно нужно запустить приложение с помощью плагина maven, вы можете отключить разветвление процесса (например, используя -Dspring-boot.run.fork=false)