Windows не заботится о файлах, начинающихся с точки. Он просто обрабатывает их как любой старый файл. Если вы хотите скрыть файл в Windows, вы должны (также) изменить этот атрибут.
attrib +h path-to-file
Вы можете запустить это из любой командной строки cmd или PowerShell. Он также может работать в приглашении bash, хотя передо мной его нет, чтобы проверить его. Используя этот двойной метод, вы можете назвать свой файл .whither, а затем добавить указанный выше атрибут и сделать его скрытым и для Windows. (Bash должен обрабатывать любой файл как скрытый независимо от атрибута Windows.)