взгляните на? Replace_na для некоторой помощи.
Это должно работать:
merged <- merged %>%
mutate(number_articles = replace_na(number_articles, 0))
РЕДАКТИРОВАТЬ: изменено, чтобы включить в мутирование, которое, я считаю, решает проблему, указанную 42 в комментариях.