Итак, поехали. У меня есть сеть с несколькими узлами. Каждый узел может принадлежать к разным группам (см. Мою идею ниже).
Это игрушечный пример со списком ребер:
"from","to"
"RB1","CDK2"
"CDK2","CDKN1B"
"RB1","CDK4"
"PDPK1","RPS6KB1"
"PDPK1","PKN2"
"CDKN1B","CDK4"
"PKN2","CDK4"
и таблицей узлов только с одной группой ( stat столбец):
name,stat
RB1,mixed
CDK2,up
CDKN1B,up
CDK4,up
PDPK1,up
RPS6KB1,up
PKN2,down
, а затем код, генерирующий сеть с атрибутом stat , который в настоящее время используется для цветового кодирования узлов, согласно которому stat выбранный пользователем:
library(tidyverse)
library(igraph)
library(visNetwork)
edgelist <- read.csv("edges_mod.csv")
nodes <- read.csv("nodes_mod.csv")
g <- graph_from_data_frame(edgelist,directed=F,vertices=nodes)
V(g)$color <- ifelse(V(g)$stat == "up", "red",ifelse(V(g)$stat == "down","blue","yellow"))
data <- toVisNetworkData(g)
visNetwork(nodes=data$nodes, edges=data$edges, width="100%") %>%
visEdges(color="black") %>%
visIgraphLayout(layout="layout_with_kk") %>%
visOptions(selectedBy= "stat")
Проблема в следующем: что, если узел может принадлежать нескольким статистикам ? Здесь я вижу два основных варианта:
Я могу создать тот же фрейм данных, что и выше, но с несколькими столбцами stat и цветовым кодированием узлов в соответствии с выбранным столбцом. Я думал о столбце [0-1], в котором узлы, принадлежащие этому множеству , помечены 1 и будут окрашены (или включены) в сети, тогда как узлы, которые не принадлежатчто set будет помечено как 0 (и будет выключено).
name,statZero,statOne,statTwo
RB1,1,1,0
CDK2,1,1,0
CDKN1B,1,0,0
CDK4,1,1,0
PDPK1,1,1,1
RPS6KB1,0,0,0
PKN2,1,0,0
ИЛИ, я могу создать тот же фрейм данных, что и выше, со столбцами stat содержащий список наборов , но я не понимаю, как это может работать
Идеи о том, как цветовое кодирование узлов, принадлежащих к различным наборам ? Как мне справиться с этой опцией visOptions(selectedBy= "stat")
?
РЕДАКТИРОВАТЬ:
Я знаю, что visOption имеет несколько возможностей для selectedBy
. Я пытаюсь понять, как это относится к моим потребностям!