Я думаю, что если вы хотите матричное представление, вы должны пойти со списком списков. Вы вводите только n чисел, но для матрицы вам нужно n * n чисел. Сделайте это со вторым циклом for следующим образом:
# matrix is gonna be a list of lists
num_array = list()
num = input("Enter how many elements you want:")
print('Enter numbers in array: ')
# first for iterates for rows
for i in range(int(num)):
row = list()
# second for iterates numbers in every row
for j in range(int(num)):
n = input("num :")
row.append(int(n))
num_array.append(row)
# output as matrix
for row in num_array:
for number in row:
print(number, end=" ")
print()