Я использую spring-data-jpa в одном из моих проектов. На уровне сервиса я аннотировал частный метод с помощью @Transactional, а также включил @EnableTransactionManagement в приложении. Когда один из методов сохранения объектов выдает исключение, остальные объекты, которые были сохранены ранее, не откатываются. Кстати, я использую PostgreSQL.
Пожалуйста, дайте мне знать, если я что-то здесь упускаю.