Во-первых, когда бизнес-модель обновляется, убедитесь, что вы запустили соответствующее событие обновления дерева в своей древовидной модели, чтобы JTree узнал об обновлении.
Тогда вам нужно определить TreeCellRenderer, который устанавливает цвет. Когда бизнес-модель будет обновлена, сообщите вашему средству визуализации, какие узлы выделить.
Однако уловка здесь состоит в том, чтобы выключить цвет. Вы можете определить Thread или, что еще лучше, Executor, чтобы он спал в течение 1000 миллисекунд, затем велит рендереру больше не выделять узлы, затем снова запускают события обновления дерева, чтобы JTree перерисовывался соответствующим образом.