К сожалению, синтаксический анализатор доктрины не может объединить 2 подвыбора в 1 вычисляемое поле.
Ваш лучший вариант - разделить подвыборы :
return $this->getEntityManager()->createQuery(
'SELECT i invoice,
(SELECT SUM(p1.amount) FROM PaymentTableA p1
WHERE p1.invoice = i.id) AS sum1
(SELECT SUM(p2.amount) FROM PaymentTable2 p2
WHERE p2.invoice = i.id) As sum2
FROM Invoice i
WHERE i.id BETWEEN 1 AND 50'
)->getResult();
и объединитьполучено 2 суммы.
В качестве альтернативы вы можете переписать запрос и использовать 2 JOIN с "PaymentTableA p1" и "PaymentTable2 p2":
SELECT i invoice,
SUM(p1.amount) + SUM(p2.amount) AS MySum
FROM Invoice i
JOIN PaymentTableA p1 WITH p1.invoice = i.id
JOIN PaymentTable2 p2 WITH p2.invoice = i.id
WHERE i.id BETWEEN 1 AND 50
GROUP BY i.id