Вы не указали, какой была ваша операционная система хоста, но я предполагаю, что это windows, когда вы запускали "vagrant up", вы делали это как администратор?
Тем не менее, это проблема с npm, а не с Vapor. Я бы запустил команду ssh'd "npm ci && npm run prod && rm -rf node_modules" в вашу бродячую консоль и устранял проблемы оттуда.