Найти имена файлов, соответствующие строкам в текстовом файле

Question

У меня есть текстовый файл следующим образом:

orthogroup1
orthogroup4
...

И у меня есть каталог с текстовыми файлами следующим образом:

orthogroup1.faa.reconciled
orthogroup2.faa.reconciled
orthogroup3.faa.reconciled
orthogroup4.faa.reconciled
...

Я хочу использовать текстовый файл для получениясоответствующие имена файлов в моем каталоге.

Результат должен выглядеть примерно так:

orthogroup1.faa.reconciled
orthogroup4.faa.reconciled

Как я могу это сделать?

Заранее спасибо :)

Answer 1

Опция -f grep позволяет вам брать шаблоны из файла. Используйте это на выходе find, чтобы отфильтровать список:

find /path/to/dir -type f | grep -f /path/to/patterns

Answer 2

Примерно так:

suffix='.faa.reconciled'
for line in $(cat file.txt); do
    echo $line$suffix
done

Пример:

$ cat file.txt
orthogroup1
orthogroup4

$ ls -l ortho*
orthogroup4.faa.reconciled
orthogroup3.faa.reconciled
orthogroup2.faa.reconciled
orthogroup1.faa.reconciled

$ suffix='.faa.reconciled'; for line in $(cat file.txt); do echo $line$suffix; done
orthogroup1.faa.reconciled
orthogroup4.faa.reconciled

Answer 3

Можете ли вы определить, что вы подразумеваете под "получить имена файлов в моем каталоге"? Какой следующий шаг ты имеешь в виду?

Похоже, вы, вероятно, хотите использовать что-то вроде sed или awk, хотя последнее, вероятно, излишне. См. В чем разница между sed и awk? для получения дополнительной информации.