Если вы используете Java 8 или выше, это довольно просто. (Небольшая коррекция с использованием другого ответа)
List<String[]> abc = new ArrayList<>();
String[] string1 = {"123", "567"};
String[] string2 = {"123", "456"};
abc.add(string1);
abc.add(string2);
List<String> newList = abc.stream()
.flatMap(Arrays::stream)
.distinct()
.collect(Collectors.toList());
Map<String, Long> hashMap = abc.stream()
.flatMap(Arrays::stream)
.collect(Collectors.groupingBy(Function.identity(), Collectors.counting()));