Графики - это абстрактные структуры данных с ребрами и вершинами, природа которых не определена и необязательно встроена в некоторое геометрическое пространство. Например, семейное дерево является абстрактным графом.
Конечно, естественное представление находится на листе бумаги, следовательно, встроено в 2D-пространство. Но 3D также возможно.
В частности, ребра и вершины многогранника образуют граф, встроенный в трехмерное пространство.