Bash не знает, что вы хотите заменить file.py на data.py. Поэтому вам нужно ввести 2 команды.
cd /project/
cp data.py /project1/
rm -f /project1/file.py
Еще лучше, убедитесь, что копия сработала, прежде чем удалять файл:
cd /project/
cp data.py /project1/ && rm -f /project1/file.py
-f
необязательно, зависит от вашей системы,permissions, ...
ИЛИ:
cd /project1/
cp /project/data.py . && rm -f file.py
Основная идея - загрузить data.py в project1, а затем удалить file.py.
ИЛИ:
cd /project1/
cp /project/data.py ./file.py && mv file.py data.py