неотслеживаемый файл - это файл, который отсутствует в index в Git и, следовательно, не будет в следующем коммите, который вы делаете.
Чтобы удалить такой файл, вы просто удаляете файл, используя средство удаления файлов вашей обычной операционной системы. Когда вы делаете это, если ваша ОС не выполняет операцию восстановления файла, файл исчезает навсегда. Git не сможет вернуть его вам.
(Обратите внимание, что илине отслеживается файл, который не изменяет существующие коммиты в существующем Git-репозитории. Но то, что вы делаете сейчас, кажется невероятно опасным: вы удалите все свои файлы безвозвратно.)