Упрощенно вы можете перебрать все слои на карте, а для тех, которые являются маркером, подсчитать, сколько находится в пределах карты.
function countVisibleMarkers(map) {
var bounds = map.getBounds();
var count = 0;
map.eachLayer(function(layer) {
if (layer instanceof L.Marker) {
if (bounds.contains(layer.getLatLng())) count++;
}
});
return count;
}